സൂര്യൻ പെലോപ്പനീസ് പ്രദേശത്തേക്കാളും വലുപ്പമുള്ള ജ്വലിക്കുന്ന ഒരു കല്ലാണെന്നു പറഞ്ഞതിന് നിരീശ്വരവാദം എന്ന കുറ്റം, ആഥൻസിലെ മുപ്പതുവർഷത്തെ താമസത്തിനൊടുവിൽ, അനക്സാഗറസിനുമേൽ ചുമത്തപ്പെട്ടു. അനക്സാഗറസിന്റെ ശിഷ്യനായിരുന്ന പെരിക്ലീസിനെ ഉന്നംവച്ചുള്ളതായിരുന്നു ഈ അക്രമണം. പെരിക്ലീസ് അഥീനിയൻ രാഷ്ട്രതന്ത്രജ്ഞനും അഥീനിയൻ സാമ്രാജ്യത്തിന്റെയും ജനാധിപത്യത്തിന്റെയും പൂർണ്ണ വളർച്ചയ്ക്കു പിന്നിലെ കാരണക്കാരനുമായിരുന്നു. ശിക്ഷയിൽ നിന്നും പെരിക്ലീസിന്റെ സഹായത്തോടെ രക്ഷപ്പെട്ടെങ്കിലും ആഥൻസ് വിടാൻ അനക്സാഗറസ് നിർബന്ധിതനായി. ലാംപസാക്കസിൽ തന്റെ അവസാനനാളുകൾ ജീവിച്ചു തീർത്തു അനക്സാഗറസ്.
അനക്സാഗറസ് എഴുതിയവയിൽ ഇന്നുള്ളത് വളരെക്കുറച്ചു മാത്രമാണ്. വ്യത്യസ്ത നിരീക്ഷണങ്ങൾ ഈ ചിന്തകന്റെ എഴുത്തിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ഇതുവരെ ഉണ്ടായിട്ടുമുണ്ട്. ഇങ്ങനെയൊക്കെയാണങ്കിലും അനക്സാഗറസിന്റെ ചിന്തയുടെ അടിസ്ഥാന പ്രത്യേകതകൾ ഇന്നു വ്യക്തമാണ്.
അനക്സാഗറസ് പ്രകൃതിഘടനാശാസ്ത്രത്തെ തനിക്കുമുമ്പുള്ള ചിന്തകരിൽ നിന്നും ഏറെ മുന്നോട്ടു കൊണ്ടുപോയി. പ്രപഞ്ചത്തെ ഒരുമൂലപദാർത്ഥം കൊണ്ട് വിശദീകരിക്കാൻ ഇവർ ശ്രമിച്ചപ്പോൾ അനക്സാഗറസ് ഈ ഒരുമൂലപദാർത്ഥത്തിന്റെ സ്ഥാനത്ത് 'അസംഖ്യം' പദാർത്ഥങ്ങളെ പ്രതിഷ്ഠിച്ചു. അങ്ങനെയല്ലെങ്കിൽ, അനക്സാഗറസ് ചോദിച്ചു, മാംസം എങ്ങനെ മാംസമല്ലാത്തതിൽ നിന്ന് ഉണ്ടായി വരും? പദാർത്ഥങ്ങൾ പുതുരൂപം പ്രാപിക്കുന്ന ശാരീരിക മാറ്റങ്ങളെയും അനക്സാഗറസ് ഉദാഹരണമാക്കി. മനുഷ്യൻ തിന്നുകയും കുടിക്കുകയും ചെയ്യുന്നതിനനുസരിച്ച് മുടിയും അസ്ഥികളും പേശികളും വളരുന്നു. എല്ലാറ്റിന്റെയും അംശം ഓരോന്നിലും ഓരോന്നിന്റെയും അംശം എല്ലാറ്റിലും ഉളളടങ്ങിയിരിക്കുന്നു -- മാറ്റം എന്ന പ്രതിഭാസത്തിലെ എണ്ണമറ്റ വൈവിധ്യങ്ങൾ വിശദീകരിച്ചുകൊണ്ട് അനക്സാഗറസ് പ്രഖ്യാപിച്ചു. ഒരോ വസ്തുവും പക്ഷെ, കൂടുതലായി അതിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന ഘടകങ്ങളുടെ സ്വഭാവമനുസരിച്ച് വ്യത്യസ്തമായി കാണപ്പെടുന്നു.
അനക്സാഗറസിന്റെ സിദ്ധാന്തത്തിലെ ഏറ്റവും മാലികമായ ഘടകം 'നൗസ്' - നെ (മനസ്സ് അഥവാ യുക്തി) കുറിച്ചുള്ള പ്രമാണമാണ്. 'നൗസ്'-നാൽ രൂപീകരിക്കപ്പെട്ട പ്രപഞ്ചത്തിന്റെ സൃഷ്ടി രണ്ടു ഘട്ടങ്ങളിലായി സംഭവിച്ചു: ഇപ്പോഴും തുടരുന്ന ചുറ്റിത്തിരിയലിന്റെയും (revolving) സങ്കലനത്തിന്റെയും ഫലമായുള്ള ആദ്യഘട്ടം; ജീവനുള്ളവയുടെ പരിണാമത്തിന്റേതായ രണ്ടാം ഘട്ടം. ആദിയിൽ അന്ധകാരമെല്ലാം ഒന്നായിച്ചേർന്ന് രാത്രിയായി. ദ്രവരൂപമൊന്നായിക്കൂടി സമുദ്രമുണ്ടായി. ഇങ്ങനെ ഓരോന്നുമുണ്ടായി. ഈ രണ്ടാം ഘട്ടത്തിലാണ് വസ്തു സമാന വസ്തുവിനെ ആകർഷിക്കുന്ന പ്രക്രിയ സംഭവിച്ചത്. 'നൗസ്' അഥവാ മനസ്സ് വലിയ അളവിൽ മാംസവും മറ്റു ഘടകങ്ങളും ഒരുമിച്ചുകൂട്ടുന്നു ഈ ഘട്ടത്തിൽ. ആദിമ മിശ്രിതത്തിലടങ്ങിയിരിക്കുന്ന സസ്യമൃഗാദികളുടെ ജീവവിത്തുകൾ വഴിയാണ് ഈ ഘട്ടം ഫലപ്രാപ്തി കൈവരിക്കുന്നത്. ചുറ്റുമുള്ള പദാർത്ഥങ്ങളിൽ നിന്ന് പോഷകഘടകങ്ങൾ പിഴിഞ്ഞെടുക്കാനുള്ള മനസ്സിന്റെ കഴിവിനെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു ജീവജാലങ്ങളുടെ വളർച്ച എന്ന് അനക്സാഗറസ് പറഞ്ഞു വയ്ക്കുന്നു. പ്ലേറ്റോയും അരിസ്റ്റോട്ടിലും (അരിസ്റ്റോട്ടിൽ, അനക്സാഗറസിന്റെ ഈ ആശയത്തെ എടുത്തു പറഞ്ഞിട്ടുണ്ട്) 'നൗസ്' -നെക്കുറിച്ചുള്ള ഈ ചിന്തയെ ധാർമ്മികതയുടെ പേരിൽ തള്ളിക്കളഞ്ഞു. അനക്സാഗറസിന്റെ ഈ 'നൗസ്' പ്രപഞ്ചത്തിന്റെ മൊത്തത്തിലുള്ള താത്പര്യങ്ങളെ മുൻനിർത്തിയല്ല പ്രവർത്തിക്കുന്നത് എന്നതു തന്നെയായിരുന്നു ഈ നിരാകരണത്തിനു കാരണം.